O INEGI é dirigido por um Conselho de Administração constituído por cinco Administradores, três dos quais são representantes dos Associados privados, garantindo assim um modelo de governo consistente com o seu posicionamento de Instituição vocacionada para a valorização económica e social do conhecimento e da tecnologia. O Conselho de Administração reporta a uma Assembleia Geral constituída pelos Associados.